Après la cueillette, le traitement consiste en une série d'opérations visant tout d'abord à séparer les cerises des déchets du à la collecttes (branchages, mauvaises ou trop petites cerises...) puis à libérer le grain de tout ce qui l'enveloppe pour obtenir le "grain vert marchand".

Deux méthodes bien différentes l'une de l'autre peuvent être employées. Elles auront une incidence direct sur le coût et la qualité du café :
*La voie humide, celle qui produit ce qu'on appelle des "cafés lavés".
*La voie sèche, qui produit des cafés dits "natures".

La voie sèche

Le traitement par voie sèche est nettement plus rapide, simple et moins onéreux. Après un lavage sommaire, les cerises sont immédiatement étalé sur une surface dure et mises à sécher au soleil. Elles seront régulièrement retourner avec un râteau pour éviter leur fermentation. Après environ un mois, leur taux d'humidité sera de 12%, au lieu de 20% au départ. Leur coque sera brune et friable. A ce stade, elles seront ensilées avant décorticage. On obtient le café dit "non lavé ou nature". Elle reste utilisé surtout au Brésil et minoritairement au costa Rica ou au Guatemala.

La voie humide

Plus complexe, longue et coûteuse( 10 litre d'eau par kilo de café traité), elle permet d'obtenir une meilleur qualité en abîmant moins le grain. On obtient le café dit "lavé"

Trempage
Il doit être fait le plus rapidement possible après la récolte, moins de 24 heures après.
Les grains sont trempés dans un bain d'eau pendant 16 à 36 heures pour les gonfler et les ramollir. Cette durée dépend de la variété, de la température de l'eau et du taux d'humidité.

Dépulpage
A l'aide d'une machine, qui combine l'utilisation de la friction et d'un jet d'eau ou équipé de lames, on sépare le grain de la pulpe.

Fermentation
Les grains sont placés dans des cuves en béton où on les laisse fermenter de 12 à 36 d'heures.

Cette opération libère les grains du reste d'une substance visqueuse qui les recouvre encore après le dépulpage.

Lavage
Après la fermentation, un bon lavage s'impose.

On fait donc passer les grains de café à contre-courant d'un courant d'eau afin de les libérer du maximum d'impuretés.

Cette étape permet aussi de ne conserver que les grains les plus murs qui étant plus lourd reste au fond ou par l'usage d'une trieuse dite de " Agard ".

Séchage
À ce stade, le café est en parche. On le fait alors sécher au soleil dans d'immenses tiroirs se déplaçant sur rails, de manière à pouvoir vite les abriter en cas de pluie. Cette opération dure de une à trois semaines.

Les grandes plantations possèdent des machines accélérant le séchage par l'envoi d'un jet d'air chaud qui peut alors se faire en 24 à 48 heures. La couleur du grain devient jaune doré.

Décorticage
Avant exportation le café est décortiqué: on retire la parche pour le café lavé ou la coque pour le café séché. On utilise pour cela une décortiqueuse soit à friction, à rouleaux ou à percussion.

Le triage des grains