Les origines de la paroisse
La date de la construction de la première église de Lingolsheim nous est inconnue. Dans le premier document, daté de 1320, on évoque "un champ à côté d'un bien appartenant à l'église. " Dans un autre texte, de 1371 : "le rôle établi pour l'impôt papal mentionne "LINGOLVISHEIM" avec l'église paroissiale; le droit de patronage appartient au Chapitre Saint-Laurent de la Cathédrale de Strasbourg, qui était aussi décimateur (c'est-à-dire autorisé à prélever la dîme)".
Dans le village existait une grange curiale où l'on stockait le produit de la dîme. Un document de 1454 évoque le "rectorat et vicariat perpétuel".
Du point de vue ecclésiastique, la paroisse faisait d'abord partie de l'archiprêtré Saint-Laurent de Strasbourg, puis de l'archiprêtré du Mont-des-Frères (Obernai) qui comprenait une vingtaine de paroisses. Des documents attestent qu'il existait une église au XYlème siècle. Son clocher servait de tour du guet et communiquait par un passage souterrain avec le château de Lingolsheim.
Un rapport, établi en 1572 par un visiteur épiscopal, fait état de plaintes au sujet de l'administration de la paroisse de "Holtzheim et Lingolsheim": "Administration faite avec peu de zèle par un vicaire de Saint-Pierre de Strasbourg. Beaucoup de malades moururent sans avoir reçu les derniers sacrements parce qu'il fallait chercher le curé à Strasbourg et parfois en vain"
1589 - 1744
De l'introduction de la réforme au retour des familles catholiques

Après l'introduction de la Réforme en Alsace, en 1589, l'église fut affectée exclusivement au culte protestant par la famille de Landsberg, les seigneurs de Lingolsheim.
On fit venir un prédicateur protestant, Jean Pappus. Suivant l'adage "les sujets adoptent la religion de leur maître", les habitants de Lingolsheim adoptèrent la confession d'Augsbourg.
D'une façon inattendue, le 28 août 1739, Samson Ferdinand de Landsberg, seigneur de Lingolsheim et d'autres lieux, abjura le protestantisme à Paris. Il convoqua les habitants de Lingolsheim dans son château (l'actuel centre médico-social) et les exhorta à suivre son exemple. En signe d'accord ils devaient lui serrer la main en quittant le château. Tous passèrent nu-tête devant le seigneur, seul le gardien de cochons lui tendit la main. Très déçu, Samson de Landsberg mit son château en location, quitta le village et s'établit au château de Niedernai.
Pour des raisons politiques la royauté encouragea le catholicisme en Alsace. Ainsi, Samson de Landsberg fit venir de Niedernai, son fief, quelques familles catholiques en leur donnant gratuitement des terrains de construction.
En 1742, il y avait à Lingolsheim 59 familles protestantes et 9 familles catholiques avec 30 communiants. Dans la paroisse catholique, en tête du registre des baptêmes, commencé en 1742, se trouve le procès-verbal suivant: "Le 3 février 1742, le chœur de l'église de Lingolsheim, occupé par les protestants, fut rendu au culte catholique sous le patronage de Saint Jean-Baptiste."
La nouvelle paroisse catholique fut d'abord desservie provisoirement par un capucin, le père Romanus, avant de devenir "paroisse royale" (paroisse officielle). Le "premier curé royal" fut Mathias Grauss, qui ne resta que quelques mois; le second fut Henri Richard Davie qui œuvra de 1742 à 1744. La paroisse faisait partie du Chapitre Saint-Laurent de la Cathédrale de Strasbourg.
1745
Annexe de Holtzheim
En raison du petit nombre de catholiques, la paroisse fut rattachée, en 1745, à celle de Wolfisheim dont le curé Jean Charles Tardieu se nommait "curé de Wolfisheim et de Lingolsheim". Lorsque ce dernier devint, en 1747, curé de Holtzheim, la paroisse de Lingolsheim fut rattachée à celle de Holtzheim et, comme annexe de cette dernière, fit de nouveau partie du Chapitre rural du Mont-des-Frères (Obernai). Cette situation dura jusqu'en 1862.
Le curé de Holtzheim venait tous les quinze jours célébrer la messe à Lingolsheim et, les autres dimanches, les paroissiens de Lingolsheim se rendaient à Holtzheim pour remplir leur devoir dominical. C'est surtout la jeunesse qui avait à souffrir de cette situation car, chaque semaine, les enfants scolarisés devaient se rendre à Holtzheim pour suivre le catéchisme quel que fût le temps.

1750
Une nouvelle église et simultaneum
L'église - dont la date de construction est inconnue - devenue trop petite et menaçant ruine, fut démolie et remplacée par une plus grande en 1750, entourée d'un cimetière. Elle se trouvait à l'emplacement de l'église protestante actuelle construite en 1908, au coin des rues du Château et du Souvenir.
La situation de "simultaneum", c'est-à-dire l'utilisation de l'église par les deux confessions, créa de vives tensions entre les deux communautés chrétiennes, la majorité des habitants de Lingolsheim étant protestante. N'ayant pas de parenté à Lingolsheim, les catholiques resserrèrent davantage les liens avec leurs familles restées à Niedernai, leur village d'origine. Pour les baptêmes, ils firent appel à des parrains et marraines domiciliés à Niedernai. Ce fut le cas pour le premier baptême catholique célébré dans la petite église comme en témoignent les en archives:
"Aujourd'hui, le 5 avril 1742, fut baptisé Jean- Georges Kuntzmann, fils de Jean-Georges Kuntzmann, boulanger, et de Marie-Madeleine Gurdmeyer. Le parrain est Jean Muller, agriculteur à Niedernai, et la marraine Anne-Marie Steckinger, veuve de Jean Michel Britach, de Niedernai."
1762
Rapport de la visite pastorale
"Aujourd'hui, dix-sept septembre 1762, monseigneur l'évêque Darath, vicaire général et official de l'Evêché de Strasbourg, suivant la lettre circulaire adressée à chaque capitulaire, a commencé la visite du Chapitre rural du Mont-des-Frères de Holtzheim-Lingolsheim et ainsi qu'il suit.
Lingolsheim Paroisse est sous l'invocation de Saint Jean-Baptiste, Monsieur de Landsberg en est le seigneur. Le chœur de cette église a été restitué en 1742 et ordonné:

1)
 L'heure de neuf du matin qui a été observée jusqu'ici pour le service des catholiques, continuera d'être tenue jusqu'à ce qu'il en soit autrement ordonné par l'Ordinaire.
2)
 La communauté fera fermer d'un mur ou d'une palissade le cimetière et fera ériger une croix sur la partie des catholiques dans le délai de six mois, permettant au curé de bénir la croix.
3)
 Ordonnons que l'angélus soit sonné pendant toute l'année selon le rite catholique et, en cas de refus ou d'intermission, Monsieur le curé se retirera par-devant le juge compétent pour le faire ordonner."